漕运在历史上曾一度给淮安带来辉煌，中国漕运博物馆位于历史上苏北中心州府“老淮安”古城正中心，镇淮楼的北边。博物馆的外观仿造明清时期江淮流域的建筑，呈“品”字形，中部为主展厅，东侧建筑为临时展厅，西侧为多功能报告厅。馆内介绍漕运的历史，陈列大量文物，而且用了许多高科技手段，使参观博物馆的过程变得生动有趣，游客可以和投影互动，还有4D电影看（电影60元）。
博物馆内的序厅有180度巨幅投影卷轴与沙盘模型。历史厅介绍漕运历史与制度。运河厅介绍漕运与经济、人物、民俗、城市的关系，里面光影交互高科技是亮点，漕运水路被投影到地板上，用脚踩水道边的建筑，就会显示相关介绍。淮安厅内布置成古代淮安的模样，两边是木头结构的店铺。愿景厅展望未来。文物厅里能看到从新石器时代青莲岗文化到历朝历代的淮安区文物。
在博物馆的南边，与镇淮楼之间是总督漕运部院遗址公园（总督漕运公署遗址），明清的官署如今只剩下四方形的墙基，和一些残破的石基、柱基。如果只参观遗址，那是免费的，不需要买中国漕运博物馆的门票。